Station Den Helder werd in gebruik genomen op 20 december 1865 met de opening van de spoorlijn Den Helder – Alkmaar. Dit was de tweede door de Hollandsche IJzeren Spoorweg-Maatschappij (HSM) in gebruik genomen spoorlijn, na de Oude Lijn. Het was een deel van de door de Staat der Nederlanden aangelegde Staatslijn K, van Nieuwediep (Den Helder) naar Amsterdam (aangelegd in 1865-1878).Het oorspronkelijke spoorwegstation van Den Helder was een van de Standaardstations van de Staatsspoorwegen, gebouwd in de jaren zestig van de 19e eeuw. Toen de spoorlijn van Alkmaar naar Den Helder in 1958 werd geëlektrificeerd, is dit gebouw gesloopt en vervangen door een nieuw gebouw dat iets zuidelijker kwam te liggen. Het is ontworpen door G.J. van der Grinten. Het is een echt kopstation geworden waarbij de stationshal in het verlengde van het eilandperron tussen de kopsporen is gelegen. Op de plaats van het vroegere station is een groot plein aangelegd.De gemeente Den Helder heeft een plan ontwikkeld voor een nieuw stadhuis, waarin het station zou moeten worden opgenomen. Hiertegen is protest gerezen. Volgens de tegenstanders zou het beter zijn het stationsgebouw, dat geldt als een typerend voorbeeld van wederopbouwarchitectuur, de status van gemeentelijk monument te geven.